Arbeitskräftemangel und gestiegene Rohstoffkosten seien derzeit die vorrangigen strukturellen Herausforderungen des Pilzsektors, der sich in den letzten Jahren – nach einem starken Rückgang in den letzten Jahrzehnten – stabilisiert hat. Die Zahl der Pilzzüchter in Flandern ist dem Bericht zufolge in den letzten Jahrzehnten stark zurückgegangen. Gab es vor dreißig Jahren noch 137 Erzeugerbetriebe, so sind es heute schätzungsweise nur noch 30. Der Anbau konzentriert sich in Westflandern und Limburg.
Neben den Züchtern von weißen und braunen Pilzen gibt es noch eine kleine Anzahl von Unternehmen, die sich auf Austernpilze und andere exotische Pilzarten spezialisiert haben. Obwohl eine Konsolidierung in der Branche stattgefunden hat und die Betriebe immer größer geworden sind, ist die Gesamtproduktion zurückgegangen. Wurden im Jahr 1996 noch 45.000 t Champignons produziert, so waren es vor einigen Jahren nur noch 28.000 t, schreibt vilt.be. Dieser Rückgang, der auch in den Niederlanden zu beobachten war, lässt sich vor allem mit der zunehmenden Konkurrenzsituation durch die polnische Pilzproduktion begründen.
