Eine wichtige Gruppe der sekundären Pflanzenstoffe sind Flavonoide. Sie dienen den Pflanzen unter anderem als Schutz vor UV-Strahlung und anderen schädlichen Umwelteinflüssen. Sie befinden sich hauptsächlich in den Blättern und den Randschichten der Früchte. Ihr Verzehr soll dem menschlichen Organismus bei der Förderung körpereigener Abwehrmechanismen helfen. Eine Hauptquelle für Flavonoide in der westlichen Ernährung sind Äpfel. Die hohe Konzentration soll das Risiko senken, an einer Herz-Kreislauf-Erkrankung zu sterben. Auch bei der Diabetes-Vorsorge setzen Wissenschaftler große Hoffnung in die Frucht. Weil das in größeren Mengen vorkommende Phloridzin die Zuckeraufnahme im Darm senkt, kann ein regelmäßiger Apfelkonsum das Risiko verringern, an Typ-2-Diabetes zu erkranken.