Weil die warmen, feuchten und nahrhaften Substrate auch für Schimmelpilze ideal sind, gilt es hier Vorkehrungen zu treffen. Wände, Decken, Stellagen und Tische sowie das verbrauchte Substrat werden für 48 Stunden der Hitze ausgesetzt. Nach der Hitzebehandlung werde das Substrat komplett ersetzt. Des Weiteren gelange nur gefilterte Frischluft in die Kulturräume und speziell abgedichtete Türen und Öffnungen sollen Insekten fernhalten. Zusätzlich trage jeder, der in Pilzkulturen arbeitet Schutzkleidung, verhüllt Haare und Schuhe. Vor jedem Kulturraum seien Desinfektionsmatten ausgelegt und alle Instrumente werden sterilisiert.
