Obwohl die EU-Kommission 2016 neben der Unternehmensmarke die Kategorie der EU-Gewährleistungsmarke eingeführt hat, wurde das EU-Bio-Logo darin nicht geschützt. In China und anderen Drittstaaten habe die EU-Kommission bei unrechtmäßigem Gebrauch des Logos daher keine rechtliche Handhabe, diesen zu unterbinden.
Seit 2012 ist das EU-Bio-Logo als eine Unternehmensmarke eingetragen. Sinn und Zweck des Logos sei es aber nicht gewesen, auf die Herkunft der Ware aus einem bestimmten Unternehmen hinzuweisen, weshalb sich das Markenamt dazu entschloss, es wegen Nichtbenutzung zu löschen. Denn laut EUIPO kann die Löschung einer Marke ohne Einschränkung von jedem beantragt werden, wenn sie über fünf Jahre hinweg nicht benutzt wurde, heißt es weiter. Hanspeter Schmidt hoffe, dass die EU zeitnah einen ordnungsgemäßen Markenschutz für die Union und dann einen ordnungsgemäßen Schutz für alle wichtigen Zielmärkte außerhalb der Europäischen Union beantragt.